Nasceu, numa família de lavradores, tradicionalistas e muito religiosa. Frequentou Teologia e direito em Coimbra. Começou a publicar poesia ao 16 anos, quando estudante de Teologia, manifestando sensibilidade religiosa e preocupações sociais em composições ao gosto ultrarromântico. 

Ainda estudante evidencia inclinações políticas. Colabora ainda n’A Folha, de João Penha. Afirmou-se com A morte de D. João (1874), composição épica que obteve grande êxito, impressionando pelo fôlego declamatório, pela veemência da sátira, pelo lirismo exacerbado, pela acumulação de imagens e comparações. 

No seu tempo Junqueiro apaixonou e dividiu o público, devido sobretudo ao estilo panfletário e à sátira que marcam parte significativa da sua obra. O debate, então aberto, sobre o real valor da sua produção prolongou-se pela primeira metade do século XX.

A primeira fase da carreira poética de Guerra Junqueiro apresenta uma obra realista e agressiva. Na segunda, volta-se para os valores espirituais, com uma poesia a serviço da salvação do homem. Reconcilia-se com a Igreja e cultiva a fé, a esperança e a caridade. Inspira-se nos motivos humildes e alimenta-se do lirismo, já a caminho da espiritualidade simbolista.